COVID-19 pravdepodobne nie je prirodny izolat :: Remember, remember, the velvet November


node:	COVID-19 pravdepodobne nie je prirodny izolat
template:	4
parent:	Covid-19 / Novel Coronavirus (2019-nCoV)
owner:	paradigm shift
viewed by:
created:	15.03.2020 - 11:07:47

cwbe coordinatez:
101
8333809
8837211
8703087
8723867

ABSOLUT
KYBERIA

permissions
you:	r,
system:	public
net:	yes

Arcon

000001010833380908837211087030870872386708731348

tak uz len ako to zafrejmoval na uvod, autor: pusteny virus (sikmakmi) vs. netopierozruti sikmacky? much constructive, shit.

000001010833380908837211087030870872386708731099

Píšem to sem neskoro a dole vidím, že sa tu táto téma už prebrala krížom-krážom, ale keďže mi na tomto úprimne záleží, tak cítim akútnu potrebu si ku tomu tiež vyliať srdiečko.

Teraz často počuť takú tézu, že je viac než inokedy dôležité, aby ľudia počúvali vedcov. Včera tu v podobnom duchu Jon Lojoie dokonca spieval pesničku. Ja by som si dovolil tú tézu jemne korigovať. Dôležité je počúvať vedu. Lebo nie všetko čo pustí do éteru človek v bielom plášti je vedecky podložená myšlienka. Dôkazov je mnoho a toto video hore je jedným z najlepších, s akým som sa zatiaľ stretol.

Koľko a kde pani publikovala, koľko pipiet jej visí na stole a kde jej odbornosť stojí v porovnaní s kolegami z ČR je úplne šumafuk. Dôležité je to čo tvrdí a na základe čoho to tvrdí. Keď sa tie tvrdenia rozmenia na drobné, tak by malo byť aj nevedcom jasné, že argumenty stavia na vode, ktorú predtým dôkladne zamútila.

Názov videa a hlavný argument je, že SARS-Cov2 nie je prírodný izolát, čo doslovne vzaté je hneď na prvej úrovni hovadina, lebo ten vírus tak ako ho poznáme bol izolovaný z ľudskej bukálnej sliznice, čo je tiež časť prírody a teda musí ísť o prírodný izolát. Otázka je, ako sa ten vírus do prírody dostal. Možnosti sú v princípe tri:

(i) vírus sa prirodzene vyvinul z nejakého iného príbuzného vírusu bez priameho a cieleného zásahu človeka
(ii) vírus vznikol umelým zásahom do genetickej informácie nejakého iného príbuzného vírusu a do prírody sa dostal náhodným alebo cieleným únikom z laboratória.
(iii) vírus bol skonštruovaný de-novo a následne uniknutý/vypustený.

Z toho čo som preletel diskusiu dole a z toho čo mi napísali moji rodinní príslušníci ku tejto panej, ktorá (podľa mojej rodiny) “veľmi dobre rozpráva” mám pocit, že nemalá skupina ľudí si tvrdenia pani doktorky Pekovej vysvetľuje v prospech možnosti (iii). To však pani netvrdí a nemal by to tvrdiť ani nikto komu funguje aspoň predĺžená miecha. Dizajnovať biologické entity “from scratch” jednak nevieme (a ešte dlho nebudeme vedieť) a druhak na to nie je dôvod, keďže okolitá príroda nám poskytuje nekonečnú inšpiráciu a takmer nevyčerpateľnú studňu riešení na akýkoľvek čiastkový problém, s ktorým sa žijúci organizmus kedy môže stretnúť. Ak chce ktokoľvek vytvárať čokoľvek živé, tak nikdy nezačne s čistým výkresom, ale vžy pôjde len o spájanie a modifikovanie už existujúcich organizmov.

Čo pani doktorka hlása a čo má zrejme na mysli keď vraví, že SARS-Cov2 nie je prírodný izolát, je tvrdenie, že možnosť číslo (ii) je správna. Tvrdí, že vírus sa nevyvinul prírodnou cestou a že niekto zobral nejaký iný coronavírus a v laboratóriu ho zámerne upravil (s akým cieľom nevieme). Tvrdí to na základe podobnosti (respektíve malých odlišností) genetickej sekvencie vírusu SARS-Cov2 a iných známych netopierích koronavírusov. Na tomto základe tvrdí, že mutácie, ktoré SARS-Cov2 odlišujú od najbližších známych príbuzných sa málo pravdepodobne vyvinuli prirodzenou cestou a teda jediným možným alternatívnym vysvetlením je, že ich tam musel dosadiť človek. Toto je veľmi zásadné, lebo týmto tvrdením sa dostávame na striktne vedecké pieskovisko, keďže pojmy “pravdepodobnosť” a “mutácie” sú z vedeckého hľadiska pevne uchopiteľné.

Keďže pani doktorka si na prezentáciu svojich tvrdení zvolila platformu akú si zvolila, zrejme nemohla ísť do podrobného opisu mutácií, ktoré v SARS-Cov2 identifikovala a jediné čo sa o nich dozvedáme je, že ide o inzercie a delécie (typy mutácií) “ve velíne”, čo je genetická oblasť na ktorú si vírusy “nenechají šáhnout”. Keby sme toto tvrdenie znova zobrali doslovne, tak zistíme, že si pani Peková sama protirečí, lebo ak si nejaký vírus “nenechá šáhnout na velín”, tak je hlúposť tvrdiť, že mu mutácie do “velínu” vložil človek (slovo “velín” opakujem dookola zámerne, lebo je to nevídane vágny a ku všetkému odporný pojem). Pani doktorka tými rozprávkami o “velíne” chce zrejme povedať, že pravdepodobnosť vzniku spontánnej mutácie v oblasti, ktorá kontroluje životný cyklus vírusu je malá. No a keďže tá pravdepodobnosť je malá, jediné možné vysvetlenie je, že ju tam musel dosadiť človek.

To tvrdenie je problematické z nasledujúcich dôvodov:
1. Nie je jasné, prečo by pravdepodobnosť vzniku mutácií "ve velíne" mala byť menšia než pre akékoľvek iné mutácie. Pravdepodobnosť vzniku mutácie sa naozaj môže líšiť pre rôzne oblasti genómu organizmu. Pravdepodobnosť vzniku mutácie však nie je závislá od funkcie danej oblasti (teda či je to “velín” alebo to nie je “velín”), ale je daná fyzikálno-chemickými vlastnosťami danej sekvencie. Tomu, ako tieto fyzikálno-chemické vlastnosti určujú pravdepodobnosť vzniku mutácie však rozumieme stále veľmi málo ak má pani Peková poznatky ktoré my ostatní nemáme, tak by ich mala prezentovať v nejakom periodiku na to určenom.

2. To akú má daná oblasť genómu funkciu nemôže mať vplyv na pravdepodobnosť vzniku mutácie, ale môže mať vplyv na pravdepodobnosť, že daná mutácia bude selekčne výhodná a v populácii sa rozšíri a fixuje. O tom, ako sa funkčne prejavia mutácie, ktoré má pani doktorka na mysli však nevieme nič. Znova, ak ona o tom niečo vie, tak nech o tom smelo porozpráva ľuďom, ktorí jej argumenty budú vedieť kriticky vyhodnotiť.

3. Pojem “mutácia” je definovaný vždy iba s ohľadom na referenčnú sekvenciu. Teda ak sekvenciu X označíme za referenčnú, a sekvencia Y sa od sekvencie X líší v dvoch miestach, tieto odlišnosti označíme ako mutácie. To či niečo je, alebo nie je mutácie teda priamo závisí od toho ako si zvolíme sekvenciu X. Pani doktorka za referenčnú sekvenciu zvolila najbližšiu ZNÁMU sekvenciu prírodne izolovaného koronavírusu. Vynára sa teda otázka koľko netopierích koronavírusov poznáme a koľko sekvencií máme k dispozícii. Odpoveď je, že žalostne málo. Akékoľvek tvrdenie, že daný vírus sa líši od toho čo poznáme z prírody je z toho dôvodu slabé, keďže o tom čo v prírode naozaj cirkuluje nemáme ani šajnu. Toto je obzvlášť pravda v kontexte vírusov, kde sa často rozpráva o “viral genomic dark matter” - ak zoberieme a prečítame náhodne izolovaný úsek DNA/RNA z jazera/oceánu, tak je veľmi pravdepodobné, že daná sekvencia sa nebude podobať na nič, čo máme dnes v databázach.

Ak chce pani doktorka, alebo niekto iný tvrdiť, že pravdepodobnosť prirodzeného výskytu SARS-Cov2 je menšia než pravdepodobnosť, že vírus niekto geneticky upravil, tak nemá inú možnosť než tieto dve pravdepodobnosti odhadnúť a porovnať. Kým to neurobí tak by nemala rozprávať kade tade po televízoroch. Takto veda nefunguje a takýchto vedcov počúvať určite netreba.

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386

a co okamova britva?

ze je vo Wuhane BSL-4 labak zamerany na skumanie povodneho SARS je fakt.

mohlo nieco nedbanlivostou uniknut?

pred par rokmi z GSK v Rixensarte (myslim) uniklo 45l aktivneho polia do potoka za labakom, zopdpovedni ukludnovali, ze predsa nie je ziadne riziko, pretoze populacia je proti polio zaockovana

akoze - netvrdim ze to tak je, verim prirodnemu vzniku, Pekovej rozpravanie mi pride divne... ale stale je to prilis vela nahod

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608743307

si si pomylil okamovu britvu s

okamurovou britvou

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732436

okamovu britvu je ale nespravne pouzivat na posudzovanie pravdivosti. skor len ako pomocku na vyfiltrovanie moznosti, ktore sa oplati zvazit ako prve.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287

Uniknúť mohlo kadečo z hocikadiaľ.

Toto sú ale tiež fakty:
- Netopiere sú prirodzeným rezervoárom SARS-koronavírusov:
https://science.sciencemag.org/content/310/5748/676

- prostredným hostiteľom SARS-Cov2 bol s najväčšou pravdepodobnosťou šupinavec
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2169-0

- Šupinavec je najčastejšie nelegálne pašované zviera na svete
https://en.wikipedia.org/wiki/Pangolin_trade

- Zo všetkých miest na svete sa nelegálnemu obchodu so zvieratami všeobecne a šupinavcami konkrétne najlepšie darí práve v juhovýchodnej číne (za poslednú dekádu tade premlelo v odhade takmer jeden milión šupinavcov a zadržaných bolo takmer 100 ton šupín )
https://www.traffic.org/publications/reports/renewed-game-plan-needed-to-tackle-southeast-asias-massive-wildlife-trafficking-problem/

Vo svetle toho koľko nepoznaných vírusov v prírode krúži a ako sa my k tej prírode správame mne to čo sa teraz deje vôbec nepripadá ako nejaká zvláštna zhoda náhod. Ani SARS, ani MERS, ani AIDS, ani Ebola, ani španielska chrípka neunikli zo žiadneho laboratória, tak neviem že prečo by na únik z laboratória mal byť odkázaný akurát SARS-Cov2.

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732575

Dávam ti do pozornosti tento článok https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9#ref-CR28

Ak si ho ešte nečítal.

"It is improbable that SARS-CoV-2 emerged through laboratory manipulation of a related SARS-CoV-like coronavirus. As noted above, the RBD of SARS-CoV-2 is optimized for binding to human ACE2 with an efficient solution different from those previously predicted7,11. Furthermore, if genetic manipulation had been performed, one of the several reverse-genetic systems available for betacoronaviruses would probably have been used19. However, the genetic data irrefutably show that SARS-CoV-2 is not derived from any previously used virus backbone20. Instead, we propose two scenarios that can plausibly explain the origin of SARS-CoV-2: (i) natural selection in an animal host before zoonotic transfer; and (ii) natural selection in humans following zoonotic transfer. We also discuss whether selection during passage could have given rise to SARS-CoV-2."

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732452

Kazdopadne dik za ten link na https://www.nature.com/articles/s41586-020-2169-0
To je asi prva vec co citam, na zaklade ktorej mi tiez dava zmysel sa priklonit skor k hypoteze o prenose prirodou, a uznat ze unik z labu vyzera menej pravdepodobny (aj ked nie az tak, ze by ta moznost prestala existovat, a stale moc nechapem, preco sa tak tvaria ludia, ktori nemaju nic lepsie nez video s netopierou polievkou.

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431

Toto znie podstatne rozumnejsie nez netopierie polievky, no chcel by som sa spytat par veci:

"prostredným hostiteľom SARS-Cov2 bol s najväčšou pravdepodobnosťou šupinavec"
odkial pochadza to "s najvacsou pravdepodobnostou"?
Mas na mysli najvacsiu pravdepodobnost, vramci hypotez s prodstrednym hostitelom? Alebo celkovo? Ak celkovo, tak ako sa da pravdepodobnost niecoho takehoto porovnat s pravdepodobnosou human error v 10km vzdialenom labe, kde mali (prirodne verzie) virusu taktiez.

A tiez nerozumiem, ako moze vedec vypustit zo seba v ramci argumentacie takuto vetu:

"Ani SARS, ani MERS, ani AIDS, ani Ebola, ani španielska chrípka neunikli zo žiadneho laboratória, tak neviem že prečo by na únik z laboratória mal byť odkázaný akurát SARS-Cov2."

To je ta vedecka metoda, o ktorej sa tolko rozprava? Styri krat sa nestalo, tak 5ty krat sa tiez asi nestalo?
Skus si 100x hodit mincou a znacit vysledky a mozno budes prekvapeny, kolko krat sa tam pravdepodobne bude nachadzat 00001 alebo 11110 sekvencia.
(to 'mozno' som tam napisal schvalne, lebo mozno ti padne 100x head... ale pravdepodobne to neni. pravdepodobne je ze 00001 a 11110 tam budes mat niekolko krat.).

Mne to pride trochu divne, na jednu stranu sa snazit zlahcovat moznost uniku z labu (zdoraznujem, ze obycajnej prirodne ne-engineered verzie) argumentovanim, ze 00001 je fakt nepravdepodobne. No na druhu stranu uplne prehliadat nizku pravdepodobnost 10km proximity vramci 150000km^2 pevniny na zemi.

A btw spominas supinavce v Southeast China, kym Wuhan je Central China. Mozno je to blizko, mozno daleko. Som trochu zmateny, ked sa miestami tvarime ze 1500km vzdialenosti su male, a miestami ignorujeme 10km proximity.

"Uniknúť mohlo kadečo z hocikadiaľ." - hej, mohlo aj z marsu, no to by bolo nepravdepodobne. Mohlo aj z netopiera 1500km vzdialeneho, cez supinavca az do Wuhanu, co vyzera byt uplne legit realna moznost. Ale nedajboze aby niekto spomenul obycajny human error v 10 km vzdialenom labe.

Ja si rad necham vysvetlit, preco je human error v 10km vzdialenom labu podstatne menej pravdepodobny, nez ine hypotezy, no zatial som videl len pseudoargumentacie a vyvracanie bioengineeringu, ktory je offtopic.

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386087322870873243108733393

proti moznosti, ze WT virus usiel z labaku vo wuhane existuje jeden spekulativny, ale extremne pravdepodobny argument:
je to virologicky vyskumny labak, v pripade, ze by izolovali novy virus, navyse podobny SARS, tak by sekvenciu publikovali do 2 tyzdnov od izolacie a za dalsie 3-4 mesiace by bol vonku clanok ... IMHO
teda, ak v databazach nenajdes sekvenciu s datumom pred udalostou, tak je tvoja moznost velmi malo pravdepodobna....

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873339308733397

"extremne pravdepodobny"

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386087322870873243108732464

Ja ani náhodou netvrdím, že je vylúčené, že v nejakej časti svojej minulosti ten vírus prešiel cez labák. Osobne sa mi to zdá málo pravdepodobné, keďže viem aké opatrenia platia už len v BSL3 labákoch (4 som ešte nevidel), ale v ničom čo som tu zatial napísal tú možnosť a priori nevylučujem. V tom labáku by mali mať veľmi dôkladnú evidenciu toho kto na čom kedy pracoval. Určite sa aj to musí prešetriť.

Ten pôvodný text čo som napísal bol na margo tej českej vedkyne, ktorá rozprávala o tom, že ten vírus musel byť umelo modifikovaný a že ona má na to dôkazy. Nič také nemá a len si sprosto robí na tragédii reklamu. Neviem prečo by to priamo pod tým videom mal byť offtopic. Tým druhým príspevkom, na ktorý teraz reaguješ, som chcel zasa povedať, že zoonózy naozaj nie sú žiaden paranormálny jav a to hlavne s ohľadom na tón, ktorý sme tu nastavili. Ty tomu možno rozumieš, ale mne sa z toho čo teraz všade počúvam zdá, že ľudia majú pocit, že vírusy v prírode neexistujú a keď sa tam nejaký nájde, tak ho tam musel vypustiť šialený/neschopný vedec. Ja vravím, že nemusel (nie že nemohol).

K tvojím otázkam:
1. Chcel som povedať, že z toho čo vieme je zatiaľ najpravdepodobnejšia tajektória prenosu: netopier -> šupinavec -> človek. Toto nehovorí nič o tom ako ku tomu prenosu došlo a nevylučuje sa tým existencia medzičlánov.

2. Tých ochorení zo zvierat bolo samozrejme rádovo viac než tých päť príkladov, ktoré som uviedol. V tvojom príklade narábame s prior belief, že hádžeme mincou na ktorej 1 a 0 padá s rovnakou pravdepodobnosťou. Pravdepodobnosť že nejaký vírus unikne z labáku vs že niekde vo svete nejaký vírus prekoná hostiteľskú bariéru určite nebude rovnaká. Otázka je, v ktorom smere je naša minca zaujatá. Moja prior belief (formovaná na základe toho, že viem ako vyzerá BSL3 laboratórium a tiež viem ako vyzerá typické čínske wildlife trhovisko) je výrzane v neprospech úniku. Tvoja prior belief môže byť samozrejme iná. Ešte raz pre istotu, nikde ale netvrdím, že pravdepodobnosť úniku je 0.

3. Mám tam chybu, mal som napísať juhovýchodná ázia.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058

O tom že číňanom minimálne dvakrát utiekol SARS1 z BSL-3 v Pekingu (c.f. https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/gb-spotlight-20040427-03 ) si ako človek od fachu, predpokladám, počul ?

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431087324640874305808743143

Áno, počul. Aj o iných incidentoch som počul - napríklad Marburg vírus v Rusku, alebo Ebola v Hamburgu - nie len v číne majú mľandravých výskumníkov.

Zatiaľ som ale nepočul o prípade, kedy by z laboratória unikol a pandémiu spôsobil patogén dovtedy neznámy. Počul som však o niekoľkých desiatkách prípradov, kedy pandémiu spôsobil nový prirodzene sa vyskytujúci patogén. Toto mi z hľadiska štatistiky tiež nepríde nijak zvlášť prekvapivé, keďže vo voľnej prírode je nepopísaných potenciálnych patogénov čakajúcich na premnoženého hostiteľa nepomerne viac, než ich je v laboratórnych mrazákoch.

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386087322870873243108732464087430580874314308743220

V prvom rade by som Ťa chcel poprosiť aby si svojich čínskych "kolegov" neoznačoval prídavným menom "mľandravý", nezaslúžia si to.

A teraz k veci: najprv "považuješ za málo pravdepodobné že by vírus mohol uniknúť z laboratória", aby si následne - potom čo Ti je pripomenuté to, čo si akosi "opomenul" a teda že k fuckupom už v krátkej histórii virológie neraz došlo - sám uznal, že k úniku vírov z laboratórnych podmienok už došlo nielen v prípade Pekingu, ale aj v Hamburgu či v Ruskej Federácii...

Osobne vidím v Tvojej argumentácii logický spor ktorý pre mňa osobne indikuje existenciu biasu podloženého iracionálnou vierou v morálnu a logickú integritu tvojich chlebodarcov a kolegov.

Ruku na srdce: "scientific judgment is determined by social factors, such as professional interests and political ideologies".

Samozrejme, môžeš tvrdiť že únik nevylučuješ, ale že ... pravepodobnosť ... a štatistika ... a p-hodnota ... a model XY ... atď. Ale dokým budeš svoju argumentáciu zakladať na použítí čisto aristotelovskej spojky "keďže" nasledovanej tvrdením ako napr.

keďže vo voľnej prírode je nepopísaných potenciálnych patogénov čakajúcich na premnoženého hostiteľa nepomerne viac, než ich je v laboratórnych mrazákoch.

t.j. tvrdení ktoré je metodologicky neverifikovateľne * - a teda z hľadiska Popperovskej epistemológie v podstate paveda - budú závery ku ktorým dochádzaš stáť na rovnako hlinených nohách (ajkeď oblečených do chic súkna empiricky-pozitivisickej terminológie) komunitného wishful-thinkingu, ako závery protistrany.

* budem Ti veľmi vďačný ak mi pošleš link na čo i len jednu štúdiu ktorej sa podarilo falsifikovať hypotézu "vo voľnej prírode kulminujúceho antropocénu (i.e. v roku 2019) bolo nepopísaných potenciálnych patogénov čakajúcich na premnoženého hostiteľa nepomerne viac, ako ich bolo v laboratórnych mrazákoch, klietkach, cicavčích či opičých modelov toho istého roku" .... (Najlepšie štúdiu takú, ktorá v sekcii "Method" neblúzni o výpočtovom modeli s hyperparametrami, ale pekne od piky ako sa sluší a patrí porovnáva počty speleológov čo navštívili dotyčnú jaskyňu v Yuane či milovníkov pásovčích delikates s počtom "primate models" - oh, merde! can't get that data, it's classified - ktorým tie virióny "kolegovia" šupujú rovno pod kožu. )

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058087431430874322008743417

Zda sa, ze to co skumali vo Wuhane bolo nieco ine a ze ani tajne sluzby neboli schopne dokazat opak. Zda sa tiez, ze manipulacia ak by bola urobena umelo by bola dokonalejsia a teda verzia prirodzeneho vzniku je pravdepodobnejsia; cerpam odtialto:
https://www.scinexx.de/news/medizin/coronavirus-aus-dem-virenlabor-freigesetzt/

A hoci sa aj opak neda vylucit, nezda sa mi zmysluplne sirit obvinujucu energiu eskalujucu celosvetovy konflikt. Ak to aj uniklo, kludne to mohla byt nehoda/nahoda. Ocakavat ze Cina sa chysta spustit biologicku tretiu svetovu sa mi (zatial) zda prehnane.

Ale inak ano, smrt kraca vedla nas.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058087431430874322008743267

Píšem o mľandravých výskumníkoch. Keď sa človek pichne kontaminovanou ihlou v laboratóriu, tak sa ňou vo väčšine prípadov pichne preto, lebo je v tom čase mľandravý a nie preto, lebo by ho to vzrušovalo. Krajina pôvodu výskumníka nie je podstatná.

Havária lietadla je tiež málo pravdepodobná udalosť a to aj napiek tomu, že tých lietadiel už popadalo niekoľko. Ak sa ti na tom, že málo pravdepodobná udalosť môže zostať málo pravdepodobnou aj po tom čo sa tri krát stane, zdá niečo problematické, tak by si ten problém mal hľadať inde a nie v mojej argumentácii.

Ja o väčšine mojich "kolegov" moc vysokú mienku nemám. Ani o ich morálke, ani o ich schopnostiach. Napriek tomu ich odmietam len na základe toho bez dôkazov obviňovať zo spustenia pandémie.

Tie nepopísané patogény sa do mrazáku dostávajú vzorkovaním z prírody s tým cieľom, aby sa popísali. Na to, ktorým smerom bude stúpať ich gradient, sa dá prísť dedukciou a ani Popper by na to nemusel potrebovať štúdiu.

Neviem presne že o čo ti teraz ide a že o akých záveroch a protistranách rozprávaš. Hore sme si to už s id Mushroom Grinning Cloud vyjasnili, že možnosť že SARS-Cov2 niekedy v mrazáku bol a ušiel, principiálne nevylučujem (on mal pocit, že áno). Žiadne závery tam nikto nikde nerobil. Iba som povedal, že na základe mojich vedomostí a mojich skúseností sa mi únik neznámeho vírusu z laboratória zdá málo pravdepodobný. On tú pravdepodobnosť na základe jeho vedomostí a jeho skúseností môže odhadovať inak a ty ju môžeš odhadovať úplne inak. Predtým, než si tu začal vypisovať červenou, nemal o správnosti svojho odhadu nikto potrebu nikoho presviedčať (ja tú potrebu stále nemám).

edit: Inak, nerozumeim presne ani tým rečiam o mojich chlebodarcoch a kolegoch čo týrajú primáty. Ja študujem behaviorálnu ekológiu prvokov a toliare mi za moju obetavú činnosť nezištne posiela tretí sektor (It ain't much, but it's honest work). To naozaj nie je pekné takéto invektívy hádzať po ľuďoch, o ktorých nič nevieš. Či to tiež náhodou nebude indikovať existenciu akéhosi biasu.

No a len tak medzi rečou, tým prostredným hostiteľom má byť šupinavec a nie pásavec. To je nie že iný druh, alebo iný rod, ale je to iný rad organizmov.

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431087324640874305808743143087432200874326708745592

Predtym ako pristupime k dalsim krokom najvrhujem mensi check ci zdielame zakladnu terminologiu. A verim ze uznas ze klucovym je v tejto dispute najma pojem pravdepodobnosti.

Najvrhujem zacat pracovat na zosuladeni pojmov zodpovedanim tejto otazky:

Je pravdepodobnost vskutocnenia udalosti typu T po troch zdokumentovanych vskutocneniach udalosti typu T vacsia, mensia alebo rovna trojnasobku povodne odhadnutej pravdepodobnost ?

(pripadne zvazenim, ci ma tak polozena otazka vobec zmysel)

*
* *

Kedze si vyslovil vyrok "Neviem presne že o čo ti teraz ide" chcel by som upresnit ze mi ide o to, aby bola Tebou vyslovena hypoteza "kedze vo volnej prirode ... nez je ich v laboratornych ..." bola tematizovana validnou vedeckou studiou.

Pravdepodobnostne hodnoty popisujuce "volnu prirodu" sa pokusim poskytnut podla najlepsie vedomia a vedeckeho svedomia...Pokial sa Ty o to iste pokusis vo vztahu k fenomenom ktore sa odohraju v laboratoriach tohto sveta (zacnime sucinom poctu zvieracich modelov s poctom laboratorii, to vsetko vynasobene poctom rokov a aktivovanych patogenov), moze z toho byt celkom pekny interdisciplinarny clanok.

Skusenosti s publikovanim mam, a istotne mas aj Ty.

P.S. ako som napisal aj do posty, ak sa naozaj zaoberas prvokmi, ospravedlnujem sa Ti za nejapnu "falsu positive" referenciu ohladom "chlebodarcov", a toto ospravedlnenie plati nezavisle od toho ci si sa nikdy podielal ci nepodielal na vyskumoch na cicavcich modeloch...ja som v obdobi mojich studii stratil vela iluzii o praci biologov a medikov a zial, niekedy asi az prilis zovseobecnujem .... peace

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386087322870873243108732464087430580874314308743220087432670874559208745638

Neviem že či sa to pýtaš úprimne alebo sarkasticky, ale odpoviem ti tak či tak. Pravdepodobnosť udalosti T po troch zdokumentovaných uskutočneniach udalosti T nemôže byť ani rovná, ani vyššia trojnásobku pôvodnej pravdepodobnosti. Ak by tomu trojnásobku bola rovná, tak po troch hodoch mince s výsledkom “znak” by pravdepodobnosť pre udalosť “znak” musela stúpnuť z pôvodných 0.5 na 0.5*3=1.5. Pri pravdepodobnosti 1.5 by aj tí matematicky menej nadaní z nás mali spozornieť a dostať pocit že niekde bude chyba. Pravdepodobnosť udalosti je konštanta. Ak by sme sa rozprávali o inverznej pravdepodobnosti, tak ku tej by sme sa mohli dopracovať pomocou Bayesovej vety, ktorá má tú peknú vlastnosť že pľuje von hodnoty v intervale [0,1]. Tipujem ale že ako fanúšikovi Popperovej epistemológie ti nad postelou Bayesov plagát visieť nebude.

Ja som to nevyslovil ako hypotézu, ale ako fakt. Už len druhov netopiera je na svete cca 1,000 a každý z tých druhov bude mať svoj špecifický set vírusov (s veľkosťou v desiatkách). No a teraz si ku tomu pripočítaj 5,000 druhov iných cicavcov a ich vírusy a nejakých 10,000 druhov vtákov a ich vírusy. Akú časť si myslíš že sme izolovali a popísali? Väčšiu alebo menšiu? V roku 2019 bolo pomenovaných druhov vírusov cca 6,500 a to zahŕňa vírusy všetkých oranizmov vrátane rastlín a baktérií. To je naozaj smiešne ćislo.

A keď už je reč o baktériách.. Tie sú tiež potenciálnym zdrojom nákazy. Cca 99% druhov baktérií dnes v laboratóriu ani nevieme kultivovať (nevieme im simulovať vhodné prostredie) a tak nielenže o ich vlastnostiach nevieme absolútne nič, ale ani tú kultúru čo by sa dala zmraziť nevieme dopestovať. Pýtať si štúdiu dokazujúcu že nepopísaných mikroorganizmov je v prírode viac než ich je v laboratóriu je niečo podobné ako pýtať si štúdiu dokazujúcu že piesku je viac na sahare než v ľudských močových cestách (a to aj vzhľadom na vrcholiaci antropocén). Vedeckú štúdiu ti ku tomu nikto písať nebude lebo by bol na smiech. Keby si si o téme naozaj chcel niečo prečítať, tak tu na podobnú tému nedávno vyšiel článok v miestnom regionálnom občasníku. Tu je pekný prehľad odbornejšej literatúry pre náročnejších.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058087431430874322008743267087455920874563808745738

Moja otazka bola reakcia na Tvoj výrok "málo pravdepodobná udalosť môže zostať málo pravdepodobnou aj po tom čo sa tri krát stane" pričom sa snažil tak trochu upriamiť pozornosť na skutočnosť že operuješ s jemne pavedeckými pojmami, konkrétne "málo pravdepodobná udalosť".

Primo, udalosť nemôže byť "pravdepodobná". Ex vi termini, udalosť sa buď udeje, i.e. p=1, alebo neudeje. A keď sa neudeje, tak to je možno niečo iné, nazvime to chiméra, blud či tieň vlnovej funkcie, ale istotne nie udalosť.

Osobne niesom bayesián, snažím sa čo najviac držať u konkrétnych čísel a pravdepodobnosti interpretujem ako relatívne frekvencie výskytov určitých javov, a preto moja otázka smerovala k tomu, či sa podľa Tvojho názoru mení pozorovateľom-odhadnutá-pravdepodobnosť-pozorovania-určitého-javu tým, že k pozorovaniu daného javu X krát došlo. ?

Pre mňa ako frekventistu je odpoveď jednoznačne áno, pretože došlo k pozorovaniu nárastu frekvencie výskytu, čitateľ sa navýšil značne a menovateľ len čiastočne, ak vôbec...

Objasňujem: hodím desaťstennou kockou jedenkrát a padne mi jednotka, prirodzene tak ~~nastala jedna z udalostí~~ došlo k aktualizácii jednej z možností, z ktorých som každej priradil hypotetickú pravdepodobnosť 0.1. Držím v ruke desaťstennú kocku. Vychádzajúc z neovereného predpokladu, že sa jedná o kocku dokonale vyváženú priraďujem pred prvým hodom možnosti že padne kocka na stenu X pravdepodobnosť 0.1. Potom ako však po prvom hode padne kocka na stranu Y som ako hardcore frequentista nútený priradiť na základe získaného dáta možnosti aktualizácie možnosti Y pravdepodobnosť 1.

Dokopy uskutočním hodov desať a trikrát mi padne jednotka. Za situácie kedy nemám potuchy akú distribúciu (Gauss, Poisson či nebodaj dokonca Pareto ?) mi kocka v limite generuje môžem ako hardcore pozitivstický frekventista usúdiť len jediné: pravdepodobnosť že padne jednotka je 0.3

*
**

A úprimne, zaujímalo by ma ako to vidíš Ty ako bayesián, resp. akým faktorom svoje dáta normalizuješ aby si, tak ako správne upresňuješ, udržoval Tvoje hodnoty tam kde patri, v onom skvostnom to intervale medzi nulou a jednotkou.

Ďakujem za odpoveď.

P.S.
Ak aj naďalej trváš na tom, že "málo pravdepodobná udalosť" je zmysluplný výraz, vezmi prosím v úvahu následnú argumentačnú líniu: Definujme si napr. také použitie atómovej bomby proti civilnému obyvateľstvu ako udalosť typu T. Za viacmenej zdokumentovaných 5 miliárd rokov existencie Erdy došlo k daného typu len raz, pravdepodobne by si teda tvrdil, že sa jedná o udalost s veľmi malou pravdepodobnosťou. Následne sa presuň do onoho chimerického sveta a predstav si že padne bomba druhá. A potom tretia...Tvrdil by si v takom prípade stále ďalej že padanie bomb je udalosťou málo pravdepodobnou ? Ak áno, vzhľadom k akému kritériu. Ak nie, vzhľadom k akému kritériu ?"

P.P.S. násobiť počty cicavcov počtami nepoznaných vírov je síce pekné, ale odporúčam do rovnice zahrnúť aj iné parametre, napr. pravdepodobnosť subkutánnej injekcie patogénu je "vo voľnej prírode" celkom nízka, či ?

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431087324640874305808743143087432200874326708745592087456380874573808807666

- hodím desaťstennou kockou jedenkrát a padne mi jednotka, prirodzene tak ~~nastala jedna z udalostí~~ došlo k aktualizácii jednej z možností, z ktorých som každej priradil hypotetickú pravdepodobnosť 0.1
+ Držím v ruke desaťstennú kocku. Vychádzajúc z neovereného predpokladu, že sa jedná o kocku dokonale vyváženú priraďujem pred prvým hodom aktualizácii možnosti že padne kocka na stenu X pravdepodobnosť 0.1. Potom ako však po prvom hode padne kocka na stranu Y som ako hardcore frequentista nútený priradiť na základe získaného dáta možnosti aktualizácie možnosti Y pravdepodobnosť 1.

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386087322870873243108732464087430580874314308743220087432670874559208745638087457380880766608808425

you gotta do what you gotta do.
ale takto most nepostavias.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058087431430874322008743267087455920874563808745738088076660880842508811511

...zhasíname svetlá

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431087324640874305808743143087432200874326708745592087456380874573808807291

- nastala jedna z udalostí
+ došlo k aktualizácii jednej z možností

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386087322870873243108732464087430580874314308743220087432670874559208745638087457380880729108807470

Skúšal som ti napísať do pošty a vyhodilo mi to, že si neželáš aby som ťa otravoval.. To mi prišlo celkom milé, lebo oslovil si ty mňa. Interpretujem to tak, že chceš aby som ti odpovedal verejne.

Viem že teba takéto slovíčkárenie baví, ale ja si myslím že je to zbytočné. Ja dokážem porozumieť tomu čo chceš povedať aj keď nepoužiješ úplne 100% technicky správne termíny.

Tvoja úloha s kockou je variácia na MLE bernouliho skúšky, čo je zahrievací príklad snáď v každej vysokoškolskej učebnici štatistickej inferencie. Riešenie je známe viac ako sto rokov, takže tu filozofujeme trochu zbytočne: https://online.stat.psu.edu/stat504/node/28/

V tvojom príklade máš chybu, pretože ak by si bol taký hardcore positivistický frekventista za akého si sa vyhlásil, tak by si po prvom hode kockou, na ktorej padne jednotka, bol nútený povedať, že na danej kocke padá jednotka so 100% pravdepodobnosťou a iný výsledok hodu má pravdepodobnosť 0. Musel by si to povedať preto, lebo MLE v kontexte bernouliho skúšky zodpovedá absolútnemu počtu pozorovaní daného výsledku, predelenému celkovým počtom hodov.

To čo si urobil v príklade ty, keď si po prvom hode uvažoval, že každý z možných výsledkov na danej kocke padá s rovnakou pravdepodobnosťou je, že si do odhadu zahrnul svoju "prior knowledge" o tom, ako hracie kocky väčšinou fungujú. Prečo inak by po prvom hode jednotka, ktorá práve padla, mala mať priradenú rovnakú pravdepodobnosť ako dvojka, ktorú na danej kocke zatiaľ nikto nikdy nevidel? Ergo tvoj odhad bol viac bayesiánsky, než frekventistický. Možno nakoniec nebudeš až taký hard-core, ako si myslíš, že si.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058087431430874322008743267087455920874563808745738088072910880747008807671

Nuž v pošte si mi napísal "Ak by ťa zaujímal môj názor na niečo konkrétne, tak sa kľude pýtaj.", tak som sa Ťa následne niečo konkrétne aj opýtal aby som sa následne dočkal poučení o "hlúpom requeste" zaklincovanom o podobenstve o "vysokom koníkovi z ktorého mám zosadnúť" *.

Keďže nepovažujem za vhodné aby sa mladý perspektívny výskumník akým nepochybne si na kyberii cvičil v nezdvorilosti a osobných invektívach vo vzťahu k starším kolegom, dal som si na Teba dočasne ignore_mail.

Ináč som rád že sa konečne začíname baviť vecne, že si si medzičasom preštudoval filozofické základy frekventisticko-bayesiánskej dišputy a že si, endlich, pri svojom review mojho príspevku konečne objavil nedostatok o ktorom som dúfal že bude fixnutý už v Tvojej májovej kázni.

Errata diff k Tebou vypichnutej chybe tu: https://kyberia.sk/id/8807666

Peace.

* o tom metaforickom vysokom koníkovi ešte aj tvrdíš že "nevieš ako sa mi na neho podarilo vyšplhať"... nuž, ak to chceš zistiť, môžeš začať napr. tu: https://wizzion.com/PP.pdf

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431087324640874305808743143087432200874326708745592087456380874573808807291088074700880767108807986

mozes sem pastnut ten himselfov meil o hlupom requeste a vysokom konikovi, nech mame komplexnejsi obraz toho sporu?

(uf, takmer som napisal hlupom konikovi a vysokom requeste. to pisem v rade u masiara)

00000101083338090883721108703087087238670873109908731386087322870873243108732464087430580874314308743220087432670874559208745638087457380880729108807470088076710880798608808017

Tu máš moju stranu komunikácie. Prospero keď bude chcieť, tak doplní.

-----------------------------

himself --> Prospero --
22:41:07 - 11.11.2020
Pozrel som si, ďakujem.
Ak by ťa zaujímal môj názor na niečo konkrétne, tak sa kľude pýtaj.

-----------------------------

himself --> Prospero --
10:35:03 - 13.11.2020
Áno, dostatočne konrétny. Aj si myslím že som ti dostatočne konkrétne napísal, prečo je to hlúpy request.

-----------------------------

himself --> Prospero --
01:33:43 - 14.11.2020
Ak sa ti niekedy podarí zosadnúť z toho vysokého koníka, na ktorého neviem ako sa ti podarilo sa vyšplhať, tak sa nad tvojou ponukou možno zamyslím.

-----------------------------

Tu konkrétne je asi problém v tom, že on sa z nejakého dôvodu cíti v práve rozprávať sa so mnou ako s jedným z jeho študentov. Píše mi tu povýšeneckým tónom aké knížky si mám prečítať (brutálne fundované tipy samozrejme), čo sa teší že som si medzičasom preštudoval (oblasť ktorej ja sa aktívne venujem niekoľko rokov) atď. Na tom by nebolo nič veľmi zlé, keby som ja o tie rady stál. Mne sa to ale zdá strašne smiešne, lebo on fakt nevie s kým sa rozpráva, ako strašne mimo strieľa a že nemá ani trochu zeme pod nohami na to, aby mi mohol v týchto témach dávať rozumy. Moja chyba v tomto celom je, že sa nad to neviem povzniesť a jednoducho ho ignorovať. Koniec koncov, tiež som len ješitný akademik, aj keď sa to snažím lepšie maskovať.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058087431430874322008743267087455920874563808745738088072910880747008807671088079860880801708811514

Nedoplním, keďže verbatim zverejňovanie súkromnej komunikácie bez explicitného súhlasu druhej strany považujem - odhliadnuc od toho že sa jedná o akt nezákonný - za akt vrcholne nezdvorilý.

A tak sa len pousmejem nad tým ako pekne si v tom copy & paste tú našu mailovú výmenu zcenzúroval.

Na zvyšok nemám čas.

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431087324640874305808743143087432200874326708745592087456380874573808807291088074700880767108807986088080170881151408812309

To sa teším, že si taký zásadový. Len sa mi toto tvrdenie trochu bije so skutočnosťou, že si o tri príspevky vyššie zverejnil aj s úvodzovkam (môj)i text z našej súkromnej komunikácie a nepohol si pri tom obočím.

Ešte šťastie, že ja si na zdvorilosť ani na paragrafy nepotrpím. Potrpím si ale na citovanie celých viet a keďže ty si mi tam tie vety nejako čudne rozkúskoval, cítil som nutkavú potrebu zverejniť ich celé. Na rozdiel od teba som však dal von iba tú časť našej výmeny, ktorej som autorom.

Škoda, že ti čas došiel akurát teraz, keď sa nám začal krátiť. Ak si niekedy zasa nájdeš chvíľku, tak sa spokojne ozvi. Ja si na takúto plodnú debatu čas viem nájsť vždy.

0000010108333809088372110870308708723867087310990873138608732287087324310873246408743058087431430874322008743267087455920874563808745738088072910880747008807671088079860880801708808293

Dík.

Nemyslim si, ze vacsina kyberie je natolko zdatna v statistike a matematike, aby vas vedela rozsudit na vecnej rovine, hoci ty tie veci vysvetlujes a obhajujes skutocne dobre a jasne a napriklad aj ja som v tom spore o pravdepodobnosti na tvojej strane, pretoze si to vysvetlil sakum prask.

V Prosperov neprospech (haha, to vzniklo nahodne) hraje najma jeho ceremonialne vyjadrovanie a to ze sa ta ocividne snazi nachytat na nejakej nevedomosti a nedari sa mu to a v tom ze je v tom citovo nejak proste zaangazovany a nabaluje na ten vecny spor rozne osobne ťukesy, voci tebe.

Ono je to vacsinou tak, keby som pocul debatu dvoch endokrinologov a hovno by som z toho rozumel, ale jeden z nich by pôsobil podrazdene, tahal by to osobnej roviny a podozrievavo, tak by som nadrzal tomu druhemu. Tym nechcem povedat, ze jedinou tvojou vyhodou v tom spore je Prosperov hendikep.

Kazdopadne ja som rad, ze tu mas takeho intelektualneho soka a ze sa tu takto verejne pomerujete a ze to vyvolava tolko emocii.

000001010833380908837211087030870872386708731099087313860873228708732431087324640874305808743143087432200874326708745592087456380874573808807291088074700880767108807986088080170880829308808314

Už som to tu raz spomínal v pri podobnej debate.. Toto je jedna z najlepších rád, akú som kedy dostal: https://kyberia.sk/id/8496591