Re: Ako velmi su covidove cisla podhodnotene poklesom testovania?


node:	Re: Ako velmi su covidove cisla podhodnotene poklesom testovania?
template:	4
parent:	Ako velmi su covidove cisla podhodnotene poklesom testovania?
owner:	himself
viewed by:
created:	06.06.2022 - 17:14:40

cwbe coordinatez:
101
8333809
8837211
8703087
8979580
8979602

ABSOLUT
KYBERIA

permissions
you:	r,
system:	public
net:	yes

Pekné. Možno by sa to dalo trochu spresniť, keby si do toho zarátal nejaký lag. Ja by som sa pozrel na koreláciu nové prípady vs častice v odpadových vodách pre rôzne lagy a potom operoval s lagom, ktorý by dal maximálny korelačný koeficient. To ale len za predpokladu, že by tam bol nejaký výrazný vplyv, čo netuším či bude.

Ale len tak pre zaujímavosť, aká silná je tá korélacia pre lag 0, respektíve ako vyzerá ten scatter plot?

00000101083338090883721108703087089795800897960208979649

Ten scatterplot je tiez dobry napad. Tuna je pre optimalny lag (-3 dni). Je to log-log; netransformovany scatterplot je skaredy a nelinearny.

Mozes si pozriet aj scatterplot pre lag 0 dni, v ktorom vidiet separaciu "vlaken".

Ak pouzijeme tento linearny model (namiesto povodneho jednoducheho nasobenia netransformovanych hodnot), dostaneme tuto kompenzaciu:

Vizualne je ten fit o cosi lepsi.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615

Heh, zvazoval som, ci to pisat alebo nie, nakoniec som to vynechal s tym, ze ak sa na to niekto opyta, tak to rozvediem. :D

Cakal som, ze maximalna korelacia nastane, ak lagnem vodne data o +5 dni, pretoze som mal dojem, ze by mali predchadzat potvrdene pripady; v minulosti sa o nich rozpravalo, ze sa mozno budu dat pouzit na predikciu vln covidu. Nuz tak som si vykreslil graf.

Ale nie je to tak -- optimalny lag ma opacne znamienko! Nalavo je korelacia medzi surovymi/linearnymi hodnotami (maximum je pri lagu -3 dni), napravo medzi ich logaritmami (maxima su pri lagoch -3 a -4 dni, cize asi skor 3.5).

Cize je to presne naopak a vyzera to, ze odpadove vody zaostavaju za potvrdenymi pripadmi o 3.5 dna. Kedze som to nevedel vysvetlit, tak som to nechal tak a cele to vygrafoval s lagom 0. Ono sa tie pomery beztak nijako zaujimavo nezmenia pri lagu -3 dni, tak som sa v tom hlbsie nevrtal.

Mas nejake vysvetlenie? :)

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979690

Super, vďaka. No možných vysvetlení si zopár vymyslieť viem. Ľudskú chybu verím, že si vylúčil :)

No mne hlavne ten rozdiel v korelačnom koeficiente (cca 0.03) medzi lagom -3 dni a povedzme +3 dni nepríde nejaký veľmi zásadný. Keby si ku tomu vypočítal aj štandardnú chybu korelačného koeficientu (berúc do úvahy, že ide o autokorelované dáta), tak si myslím, že by to možno ani nebol štatisticky významný rozdiel.

Teraz keď tak nad tým rozmýšľam, tak si myslím že ten lag ani nemusí byť nutne rovnaký počas rôznych štádií epidemickej vlny. Tak naivne by som čakal pozitívny lag pri nastupujúcej vlne a negatívny lag pri doznievajúcej vlne (ľudia vylučujú virálnu RNA ešte dlho po vyliečení). Možno v tej tvojej analýze sa to tak nejak spriemeruje. Ako vyzerajú tie dve time series, keď ich šupneš do jedného grafu?

000001010833380908837211087030870897958008979602089796150897969008980222

To je vlastne (skoro) presne ten obrazok, ktory som postol hore:

Cervena krivka mnozstva covidu v odpadovych vodach je prenasobena konstantou, cize v log-Y grafe je iba posunuta nahor o konstantu; jej tvar je nezmeneny. Zelena su hlasene pripady. Mohol by som postnut aj doslova to, co sa pytas, ale pripada mi, ze je to zbytocne, ked uz mame toto.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615089796900898022208980254

Hej, nejak mi to ušlo. Zaujímalo ma, či sa v tom porovaní bude dať vidieť ten rozdielny lag v rozdielnych fázach (ako o tom písal aj macarat) - i.e. že červená krivka začína v porovnaní so zelenou stúpať skôr a klesať neskôr. Pri troche fantázie si to tam predstaviť viem, ale asi je moc noisy / málo dát + to komplikujú ďaľšie faktory ako frekvencia testovania atď. Lag 0 je potom asi naozaj najrozumnejšia voľba. Vďaka.

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979639

S týmto zistením by si mohol získať slávu na Facebooku, lebo logické vysvetlenie je také, že cez kontaminovanú vodu rozširujú nákazu medzi ľudí :)

000001010833380908837211087030870897958008979602089796150897963908979677

Podla tychto vysledkov to je ale prave naopak -- najprv vidis vlnu v hlasenych pripadoch a az potom v odpadovych vodach.

Co mi nedava ziaden zmysel, ale kontroloval som to asi desatkrat a nevidim tam chybu.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615089796390897967708979687

Nesúvisi to s tým, že jeden človek má typicky jeden pozitívny test na začiatku choroby (dajme tomu v prvej štvrtine), no do odpadovej vody idu jeho vzorky po celý čas? Tj v odpadovej vode je to o niečo skôr a oveľa neskôr ako čas testu?

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979639089796770897968708979688

Ooo, toto vysvetlenie sa mi paci!

000001010833380908837211087030870897958008979602089796150897963908979677089796870897968808980257

ja som chcel napisat, ze tomu hovienku trva 3 dni sa kanalom doplazit do mestskej cisticky na druhom konci mesta.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615089796390897967708979683

Ech sorry som to pochopil presne naopak

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979639089796770897968308979684

Som to asi blbo naformuloval. Mozno by aj pomohlo, keby si sa reparentoval naspat, aby aj ostatni videli to pridavne vysvetlenie a nemuseli byt zmateni bez neho tak ako ty. :)