cwbe coordinatez:
101
8333809
8837211
8703087
8979580

ABSOLUT
KYBERIA
permissions
you: r,
system: public
net: yes

neurons

stats|by_visit|by_K
source
tiamat
K|my_K|given_K
last
commanders
polls

total descendants::14
total children::4
13 ❤️


show[ 2 | 3] flat


Pri pohlade na covidove cisla by si jeden mohol mysliet, ze tejto vlne uz skoro odzvonilo.

7kQ1YBu.png

Lenze prebehla dalsia dolezita zmena: obmedzenie oficialnych testovani, siroka dostupnost domacich Ag testov a celkove rozvolnenie pristupu k covidu v spolocnosti. Cisla teda klesaju, ale aka cast poklesu je sposobena skutocnym poklesom covidu a aka cast je sposobena poklesom testovania?

V Holandsku, kde byvam, meraju pocet covidovych castic v odpadovych vodach. Kedze taketo cisla by nemali byt ovplyvnene zmenou spravania sa spolocnosti, mohli by sme ich pouzit na odfiltrovanie spravania spolocnosti z poctu potvrdenych pripadov.

Pozrime sa teda najprv na pomer poctu potvrdenych pripadov a nameranych covidovych castic v odpadovych vodach (v nejakych jednotkach). Vsetko su to holandske cisla.

DpBkB6N.png

Zda sa, ze pomer medzi tymito dvomi hodnotami sa dlhodobo drzi relativne stabilne okolo 101.25, cize asi ma zmysel sa nan pozerat. To plati celkom robustne napriklad aj v juni 2021, kedy doslo k vyraznemu poklesu poctu pripadov, ale s pomerom to velmi nezamavalo, cize vztah medzi tymito dvomi velicinami je zmysluplny aj pri nizkych cislach (to je relevantne pre nas dnes). Potom vidime, ze v priebehu marca a aprila tento pomer padol na zhruba 100.5, co je v sulade s mojim predpokladom, ze sa testuje menej.

Pomer medzi 101.25 a 100.5 je kdesi okolo 5, cize cisla su dnes asi 5x podhodnotene v porovnani s tym, ako boli hlasene trebars v decembri. (Skutocne pocty pripadov nepoznam a ani sa nesnazim zrekonstruovat. Chcem len zistit, kolkokrat viac podhodnocujeme covidove cisla v porovnani s tym, ako sme ich podhodnocovali predtym.)

Mozeme teda skusit vykreslit "kompenzovanu krivku" pripadov, ktora by toto vsetko brala do uvahy a prezentovala by aj nedavne data s podhodnotenim porovnatelnym s historiou -- a porovnat ju s oficialne hlasenou krivkou pripadov. Kompenzovana krivka je v podstate uplne primitivne pocet covidovych castic v odpadovych vodach (v nejakych jednotkach) vynasobeny 101.25. Pozor, os y je logaritmicka.

BobuXrS.png

V podstate to viac-menej pasuje a v marci vidime roztvarat sa noznice medzi hlasenymi pripadmi a pripadmi, ktore by sa mali hlasit, ak by sme ich hlasili tak ako doposial.

tl;dr: Holandske cisla su teraz podhodnotene asi 5x a pocty pripadov za posledny mesiac treba spatnasobit.




000001010833380908837211087030870897958008979786
orwin
 orwin      07.06.2022 - 11:05:38 , level: 1, UP   NEW
K za pekne vizualizacie v matching farbach

000001010833380908837211087030870897958008979602
himself
 himself      06.06.2022 - 17:14:40 , level: 1, UP   NEW
Pekné. Možno by sa to dalo trochu spresniť, keby si do toho zarátal nejaký lag. Ja by som sa pozrel na koreláciu nové prípady vs častice v odpadových vodách pre rôzne lagy a potom operoval s lagom, ktorý by dal maximálny korelačný koeficient. To ale len za predpokladu, že by tam bol nejaký výrazný vplyv, čo netuším či bude.

Ale len tak pre zaujímavosť, aká silná je tá korélacia pre lag 0, respektíve ako vyzerá ten scatter plot?

00000101083338090883721108703087089795800897960208979649
ziman
 ziman      06.06.2022 - 20:22:02 (modif: 06.06.2022 - 22:18:44) [1K] , level: 2, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
Ten scatterplot je tiez dobry napad. Tuna je pre optimalny lag (-3 dni). Je to log-log; netransformovany scatterplot je skaredy a nelinearny.

Wbj2DiM.png

Mozes si pozriet aj scatterplot pre lag 0 dni, v ktorom vidiet separaciu "vlaken".

Ak pouzijeme tento linearny model (namiesto povodneho jednoducheho nasobenia netransformovanych hodnot), dostaneme tuto kompenzaciu:

Yn4kWHI.png

Vizualne je ten fit o cosi lepsi.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615
ziman
 ziman      06.06.2022 - 17:45:35 (modif: 06.06.2022 - 23:51:51) [2K] , level: 2, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
Heh, zvazoval som, ci to pisat alebo nie, nakoniec som to vynechal s tym, ze ak sa na to niekto opyta, tak to rozvediem. :D

Cakal som, ze maximalna korelacia nastane, ak lagnem vodne data o +5 dni, pretoze som mal dojem, ze by mali predchadzat potvrdene pripady; v minulosti sa o nich rozpravalo, ze sa mozno budu dat pouzit na predikciu vln covidu. Nuz tak som si vykreslil graf.

n2TMa5Y.pngckPV9Ya.png

Ale nie je to tak -- optimalny lag ma opacne znamienko! Nalavo je korelacia medzi surovymi/linearnymi hodnotami (maximum je pri lagu -3 dni), napravo medzi ich logaritmami (maxima su pri lagoch -3 a -4 dni, cize asi skor 3.5).

Cize je to presne naopak a vyzera to, ze odpadove vody zaostavaju za potvrdenymi pripadmi o 3.5 dna. Kedze som to nevedel vysvetlit, tak som to nechal tak a cele to vygrafoval s lagom 0. Ono sa tie pomery beztak nijako zaujimavo nezmenia pri lagu -3 dni, tak som sa v tom hlbsie nevrtal.

Mas nejake vysvetlenie? :)

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979690
himself
 himself      07.06.2022 - 00:10:49 (modif: 07.06.2022 - 00:21:02), level: 3, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
Super, vďaka. No možných vysvetlení si zopár vymyslieť viem. Ľudskú chybu verím, že si vylúčil :)

No mne hlavne ten rozdiel v korelačnom koeficiente (cca 0.03) medzi lagom -3 dni a povedzme +3 dni nepríde nejaký veľmi zásadný. Keby si ku tomu vypočítal aj štandardnú chybu korelačného koeficientu (berúc do úvahy, že ide o autokorelované dáta), tak si myslím, že by to možno ani nebol štatisticky významný rozdiel.

Teraz keď tak nad tým rozmýšľam, tak si myslím že ten lag ani nemusí byť nutne rovnaký počas rôznych štádií epidemickej vlny. Tak naivne by som čakal pozitívny lag pri nastupujúcej vlne a negatívny lag pri doznievajúcej vlne (ľudia vylučujú virálnu RNA ešte dlho po vyliečení). Možno v tej tvojej analýze sa to tak nejak spriemeruje. Ako vyzerajú tie dve time series, keď ich šupneš do jedného grafu?

000001010833380908837211087030870897958008979602089796150897969008980222
ziman
 ziman      10.06.2022 - 12:00:02 (modif: 10.06.2022 - 12:02:13), level: 4, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
To je vlastne (skoro) presne ten obrazok, ktory som postol hore:

GrIzgLv.png
Cervena krivka mnozstva covidu v odpadovych vodach je prenasobena konstantou, cize v log-Y grafe je iba posunuta nahor o konstantu; jej tvar je nezmeneny. Zelena su hlasene pripady. Mohol by som postnut aj doslova to, co sa pytas, ale pripada mi, ze je to zbytocne, ked uz mame toto.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615089796900898022208980254
himself
 himself      10.06.2022 - 14:15:54 , level: 5, UP   NEW
Hej, nejak mi to ušlo. Zaujímalo ma, či sa v tom porovaní bude dať vidieť ten rozdielny lag v rozdielnych fázach (ako o tom písal aj macarat) - i.e. že červená krivka začína v porovnaní so zelenou stúpať skôr a klesať neskôr. Pri troche fantázie si to tam predstaviť viem, ale asi je moc noisy / málo dát + to komplikujú ďaľšie faktory ako frekvencia testovania atď. Lag 0 je potom asi naozaj najrozumnejšia voľba. Vďaka.

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979639
Macarat
 Macarat      06.06.2022 - 19:01:44 , level: 3, UP   NEW
S týmto zistením by si mohol získať slávu na Facebooku, lebo logické vysvetlenie je také, že cez kontaminovanú vodu rozširujú nákazu medzi ľudí :)

000001010833380908837211087030870897958008979602089796150897963908979677
ziman
 ziman      06.06.2022 - 22:20:22 , level: 4, UP   NEW
Podla tychto vysledkov to je ale prave naopak -- najprv vidis vlnu v hlasenych pripadoch a az potom v odpadovych vodach.

Co mi nedava ziaden zmysel, ale kontroloval som to asi desatkrat a nevidim tam chybu.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615089796390897967708979687
Macarat
 Macarat      06.06.2022 - 23:30:12 (modif: 06.06.2022 - 23:31:47) [1K] , level: 5, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
Nesúvisi to s tým, že jeden človek má typicky jeden pozitívny test na začiatku choroby (dajme tomu v prvej štvrtine), no do odpadovej vody idu jeho vzorky po celý čas? Tj v odpadovej vode je to o niečo skôr a oveľa neskôr ako čas testu?

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979639089796770897968708979688
ziman
 ziman      06.06.2022 - 23:42:06 , level: 6, UP   NEW
Ooo, toto vysvetlenie sa mi paci!

000001010833380908837211087030870897958008979602089796150897963908979677089796870897968808980257
ulkas
 ulkas      10.06.2022 - 14:39:38 , level: 7, UP   NEW
ja som chcel napisat, ze tomu hovienku trva 3 dni sa kanalom doplazit do mestskej cisticky na druhom konci mesta.

00000101083338090883721108703087089795800897960208979615089796390897967708979683
Macarat
 Macarat      06.06.2022 - 22:48:54 , level: 5, UP   NEW
Ech sorry som to pochopil presne naopak

0000010108333809088372110870308708979580089796020897961508979639089796770897968308979684
ziman
 ziman      06.06.2022 - 23:13:18 (modif: 06.06.2022 - 23:13:54), level: 6, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
Som to asi blbo naformuloval. Mozno by aj pomohlo, keby si sa reparentoval naspat, aby aj ostatni videli to pridavne vysvetlenie a nemuseli byt zmateni bez neho tak ako ty. :)

000001010833380908837211087030870897958008979588
ulkas
 ulkas      06.06.2022 - 16:27:55 , level: 1, UP   NEW
pekne zhrnutie, na druhu stranu, ako pise akira, ono je to vlastne aj ciel - mat v odpadovych vodach velky pomer a zaroven v nemocniciach menej ludi. tzn, uz ma kazdy svoju imunitu co postacuje na to sa nedostat do nemocnice

000001010833380908837211087030870897958008979581
akira
 akira      06.06.2022 - 15:52:31 (modif: 06.06.2022 - 15:53:07), level: 1, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
Otazka je, co nam celkove covidove cisla momentalne hovoria. Opatrenia maju zmysel len kvoli umrtnosti a ako prevencia vysokeho poctu hospitalizacii.

Ako je to s umrtnostou na covid, je zasita v necovide, alebo naozaj klesla.

00000101083338090883721108703087089795800897958108979596
ziman
 ziman      06.06.2022 - 16:38:08 (modif: 06.06.2022 - 16:38:16), level: 2, UP   NEW !!CONTENT CHANGED!!
pri vyhybani sa covidu je fajn vediet, kolko ho je a ako zhruba rizikove su rozne cinnosti