Re[5]: 01.06.2020-19:37:01 :: Remember, remember, the velvet November


node:	Re[5]: 01.06.2020-19:37:01
template:	4
parent:	Re[4]: 01.06.2020-19:37:01
owner:	ziman
viewed by:
created:	02.06.2020 - 18:39:17

cwbe coordinatez:
101
8333809
8837211
8703087
8756249
8756254
8756258
8756281
8756308
8756671

ABSOLUT
KYBERIA

permissions
you:	r,
system:	public
net:	yes

Nemysli ona to, ze ak je niekde po 24h 270x vyssi viral load, tak efektivna rychlost mnozenia toho virusu je tam 270x vyssia?

Ta dezinterpretacia "novy vs. stary" ofc uplne invaliduje jej tvrdenie, ale mna skor zaujima, z akych dovodov sa viral load po stanovenej dobe neda interpretovat ako "rychlost mnozenia".

(Ja si ich viem hned aj vymysliet viacero, ale lepsie by asi bolo, keby to urobil niekto, kto tomu rozumie. :) )

0000010108333809088372110870308708756249087562540875625808756281087563080875667108756723

Aj keď si odmyslíme ten problém s “bežný” vs “nový”, tak s interpretáciou toho čísla sú tam dva ďalšie problémy.

Prvý problém je, že vírusy rastú exponenciálne a ich growth rate (r) je definovaný ako r=Δ(log(N(t)))/Δt, kde log(N(t)) je prirodzený logaritmus počtu virálnych častíc v čase t. Takže ak po 24 hodinách nameráme v bunkovej kultúre s kmeňom A 270-krát viac častíc vírusu ako v bunkovej kultúre s kmeňom B, tak growth rate kmeňa A nie je 270-krát väčší, ale iba log(270)=5.6-krát väčší (edit: viď koment dole od id ziman).

Druhý problem spočíva v ambiguite pojmu “rýchlosť množenia”. Možné interpretácie sú minimálne dve.
- Prvá interpretácia je tá, s ktorou narábam ja v príklade hore a s ktorou narábali ľudia v tom článku, kde namerali 270-krát vyšší viral load. Tá interpretácia je, že ide o rýchlosť celkovej produkcie infekčných vírusových častíc. Toto číslo zahŕňa veľké množstvo čiastkových procesov ako napríklad afinita k receptoru hostiteľskej bunky, rýchlosť vniku do bunky, rýchlosť kopírovania genetickej informácie, rýchlosť skladania viriónov atď. Rozdiely medzi kmeňmi v hociktorom z týchto parametrov sa odzrkadia aj na celkovej rýchlosti produkcie virálnych častíc.
- Druhá interpretácia, s ktorou narába implicitne peková je, že ide o ten čiastkový proces, ktorý som v odstavci vyššie označil ako “rýchlosť kopírovania genetickej informácie” ie rýchlosť s ktorou sa kopíruje RNA vírusu. Ona sa sústreďuje na rýchlosť kopírovania RNA, lebo práve tá oblasť, ktorú ona označuje ako “velín”, u iných koronavírusov kontroluje rýchlosť replikácie. Tie “podozrivé” mutácie ktoré vo velíne našla podľa nej zvyšujú rýchlosť replikácie, ale to je ničím nepodložené tvrdenie. Tie mutácie môžu rýchlosť replikácie pokojne znižovať (môj tip by bol že budú neutrálne).

Každopádne ten problém je, že vyššiu rýchlosť produkcie virálnych častíc ona interpretuje ako vyššiu rýchlosť replikácie RNA. To je ale falošná implikácia. Vyššia rýchlosť množenia môže pokojne súvisieť s vyššou afinitou vírusu k bunkovým receptorom (alebo desiatkou ďaľších procesov) a s velínom nemať nič spoločné.

000001010833380908837211087030870875624908756254087562580875628108756308087566710875672308756773

Oh, o tej implicitnej interpretacii som nevedel.

U toho logaritmu mi vychadza pri kmeni A growth rate o log(270)/Δt vyssi, cize plus 5.6, ak je tvojou jednotkou casu jeden den a logaritmus prirodzeny. Ale pointa zostava -- za dva dni bude viral load A 270²-nasobny v porovnani s B, cize cislo 270 (a obycajny pomer rychlosti rastu viral loadu vo vseobecnosti) neudava nic, co by sa dalo samo osebe zmysluplne pouzit na porovnavanie virusov, pretoze to nie je invariant.

dakujem pekne! :)
<3 kybcae :)

00000101083338090883721108703087087562490875625408756258087562810875630808756671087567230875677308756780

Sorry, máš pravdu samozrejme. Je to o 5.6 viac, nie 5.6-krát viac. Práca kvapná málo platná. Vďaka že si si to všimol.

Ten 24 hodinový interval tiež nie je úplne šťastne zvolený, lebo počas tých 24 hodín už môže dochádzať k saturácii a o exponenciálnom raste sa už zrejme nedá hovoriť.

Správne by sa tá rýchlosť množenia mala merať tak, že pre každý vírus zvlášť meriaš viral load počas napríklad tých 24 hodín v nejakých krátkych (dajme tomu hodinových) intervaloch, a potom z prvých n bodov ktoré vykazujú exponenciálny rast stanovíš regresiou growth rate. Keď chceš porovnávať schopnosť vírusov množiť sa, tak jednou z možností je "relative fitness", čo je jednoducho pomer growth rates. Takto to ale bohužiaľ skoro nikto nerobí, lebo sú ludia leniví.

Tak či onak, ako si správne interpretoval, 270-krát viac vírusu po po 24 h nerovná sa 270-krát rýchlejšie množenie.