Re[7]: RNA visualised :: Something smarter than us is going to emerge


node:	Re[7]: RNA visualised
template:	4
parent:	Re[6]: RNA visualised
owner:	blurec
viewed by:
created:	05.04.2020 - 09:26:02

cwbe coordinatez:
101
8333809
8837211
8703087
8734843
8735160
8735221
8735265
8735339
8735352
8735370
8735394

ABSOLUT
KYBERIA

permissions
you:	r,
system:	public
net:	yes

ja tomu rozumiem tak, ze to je chybovost na nejakej jednej sekvencii, ktora bola citana velmi velmi velmi vela krat. to nie je, ze raz precitas jednu sekvenciu a toto cislo ti vyskoci.

00000101083338090883721108703087087348430873516008735221087352650873533908735352087353700873539408735503

aha, takze to uz je po opakovanom citani, hej?

0000010108333809088372110870308708734843087351600873522108735265087353390873535208735370087353940873550308735548

Nie nutne. Existujú dve veľké skupiny metód sekvenovania. Lepšie povedané, veľká je iba tá druhá skupina - tá novšia (next gen sequencing). Prvá skupina (staršia) je dnes prakticky zastúpená už len jednou metódou - tzv Sangerovo sekvenovanie. Sangerovo sekvenovanie je ťažkopádne, ale zároveň pomerne lacné a jednoduché a teda stále pomerne rozšírené.

Tých 10^(-4) čo som uviedol sa vzťahuje na Sangerovo sekvenovanie. Tam sa sekvencia nečíta opakovane, ale iba raz. Lepšie povedané, číta sa v niekoľkých krokoch, keďže v jednom kroku môžeš spolahlivo prečítať iba nejakých 1,000 bp. Overlapy medzi jednotlivými čítaniami sú ale minimálne. Tým malým overlapom sa nedá vyhnúť, lebo ku koncu každého čítania (posledných 50-100 bp) ide kvalita signálu dole. V praxi to vyzerá tak, že na základe výsledku jedného čítania sa vždy rozhodneš kde začať čítanie nové a takto krok za krokom postupne prečítaš celý genóm. V oblasti, kde je kvalita signálu dobrá je pravdepodobnosť chyby minimálna. Tých 10^(-4) cca.

Sangerovo sekvenovanie má jeden veľký problém a to je, že sa ťažko paralelizuje a multiplexuje. Tento problém obchádzajú práve tie metódy “ďalšej generácie”. Tých metód existuje strašne veľa, ale všetky sú viacmenej variácie na tú istú tému. Genóm sa nečíta postupne rad za radom, ale sa náhodne rozláme na malé sekvencie (<100 bp) a tie sa čítajú metódami, ktoré umožnujú masívny multiplexing. Tým, že to rozlámanie je náhodné, tak sa každý kúsok prečíta veľa krát a medzi jednotlivými úsekmi sú veľké overlapy. Použitím štatistických metód sa potom na základe týchto overlapov z tých maličkých kúskov poskladá celý genóm. Pri tejto metóde je v každom čítaní toho malého kúsku oveľa väčšia pravdepodobnosť chyby (nejakých 10^(-2)) ale tým, že je tam toľko veľa prekryvov to nie je až taký veľký problém. Výsledná chybovosť takéhoto postupu záleží od konkrétnej metódy a v rámci metódy od konkrétneho protokolu. Pravdepodobnosť chyby je v tomto prípade, tak ako píše blurec, kontrolovaná “metódou” a nie principiálne, tak ako je to u Sangerovho sekvenovania.

000001010833380908837211087030870873484308735160087352210873526508735339087353520873537008735394087355030873554808735655

Vzdy sa tak tesim, ked si mozem z Tvojho prispevku kvapnut trochu rozumu. Diky.

000001010833380908837211087030870873484308735160087352210873526508735339087353520873537008735394087355030873554808735575

dakujem!

0000010108333809088372110870308708734843087351600873522108735265087353390873535208735370087353940873550308735506

jj, je to podla mna chybovost "metody", ktora v sebe moze mat kopec opravnych mechanizmov. navyse casto nie je konecnym vysledkom skutocna sekvencia tych bp, ale rozdiel oproti nejakemu referencnemu genomu. ale tak mozno to himself este rozvinie.