Ja som hľadal indely, lebo tá doktorka explicitne povedala, že svoje závery robila na základe indelov. Do hlavy jej nevidím, ale odhadujem, že ju ku tomu viedlol (vo všeobecnosti platný) predpoklad, že indely sú menej časté ako bodové mutácie. Takže ak na nejakom mieste nájdeš "podozrivo veľa" inzercií/delécií, tak môžeš ísť do televízora rozprávať bludy.

V tom prvom príspevku, čo som tu ku tomu písal, som chcel povedať, že nie je vôbec jednoduché určiť, čo je to "podozrivo veľa". Až dnes som ale mal čas a chuť sa pozrieť, že koľko tam tých indelov vlastne je a zostal som zaskočený.

Bodové mutácie (zámeny jedného písmenka) sú úplne štandardný jav, tak tam fakt nie je jednoduché robiť nejakú inferenciu o tom, či tie mutácie vznikli prirodzene alebo umelo. V tom allignmente hore vidíš aj bodové mutácie. Tie dva genómy majú 96% zhodu, takže pri 30,000 bp to dáva nejakých 1,200 bodových mutácií. Či je to veľa alebo málo záleží od toho, ako dávno sa tieto dva vírusy oddelili od posledného spoločného predka. To ale nevieme odhadnúť inak, než na základe počtu naakumulovaných mutácií, čím sa nám argument uzatvára do krásného krúžku.

Najviac mutácií (bodových aj indelov) je v tom Spike proteíne, o ktorom sa všade rozpráva (peková ho ani nespomenula). Ten je pre virulenciu kritický. Je veľká šanca, že toto je práve oblasť genómu, ktorá bola pod selekčným tlakom v tele šupinavca.