Tých proteínov je troška viac, a tie patterny nie sú také jednoduché. Predikovať finálnu trojrozmernú štruktúru proteínu je v dnešnej dobe stále kurva problém, aj keď toho vieme už celkom veľa.

Práve tu je ten problém, sme "obmedzení" iba na také proteíny a ich časti, ktoré sa nachádzajú v prírode a vieme ich pozmeniť iba do malej miery.

V prípade, ak by sme chceli nejaký špecifický proteín ktorý nemá v prírode obdobu, a ktorý by mal mať napr. funkciu enzýmu - teda by premieňal jednu látku na inú (povedzme na nové liečivo), alebo by nebodaj sám mal mať nejakú funkciu v bunke, nie sme schopní takýto proteín navrhnúť a vyprodukovať, či už máme alebo nemáme syntetický genóm.

Syntetický genóm ti rovnako ako iné genetické manipulácie umožňuje pracovať a kombinovať zatiaľ len s tým čo máš, ale to neposkytuje nové funkcie.