Re[2]: RNA visualised :: Remember, remember, the velvet November


node:	Re[2]: RNA visualised
template:	4
parent:	Re: RNA visualised
owner:	svmn
viewed by:
created:	04.04.2020 - 19:53:30

cwbe coordinatez:
101
8333809
8837211
8703087
8734843
8735160
8735251

ABSOLUT
KYBERIA

permissions
you:	r,
system:	public
net:	yes

One Man Bukk...

hypermutujucich?

ja si pamatam info, ze vakcina (ked bude) moze byt pri tomto sarsovi ovela efektivnejsia, kedze tento virus oproti napr chripkovym mutuje len minimalne a teda o rok bude ta vakcina vysoko aktualna stale.. ci aj to bol hoax?

0000010108333809088372110870308708734843087351600873525108735287

Rôzne skupiny vírusov mutujú s rozdielnou rýchlosťou.

RNA vírusy (Ako SARS-Cov a influenza) mutujú vo všeobecnosti s rýchlosťou cca dva rády vyššou, než DNA vírusy (Herpes napríklad) či iné DNA-based organizmy. Toto som mal na mysli, keď som písal "hypermutujúcich".

V rámci "rodiny" RNA vírusov je tam ale stále ešte celkom široká škála mutačných rýchlostí. Koronavírusy generujú mutácie cca o jeden rád pomalšie než chrípka. Určite ale nie je pravda, že by mutovali minimálne.

Tu* je super tabuľka ku tomu ako dôkaz, že som si tie čísla nevymyslel. Zaujíma ťa to číslo mu (tretí stĺpec), ktoré vyjadruje pravdepodobnosť, že pri kopírovaní genetickej informácie dôjde ku chybe. Takže ak pre koronavírus (MHV) v tabuľke čítame 3.5 × 10^(−6), tak to znamená, že na každých jeden milión prekopírovaných písmenok sa vírus 3.5 krát pomýli.

Určite je lepšie, že tento vírus mutuje pomalšie, než keby mal mutovať rýchlejšie. Ja si ale na základe toho, že mutuje pomalšie ako chrípka, nedovolím tvrdiť, že nebudeme potrebovať nové vakcíny každú sezónu.

*Tabuľka je z tohoto článku: https://jvi.asm.org/content/84/19/9733

000001010833380908837211087030870873484308735160087352510873528708735296

co je pravdy na tom, ze korona virusy vseobecne maju samoregulaciu, ze ked je mutacia velky skok od originalu, tak sa samoopravi na orignal?

00000101083338090883721108703087087348430873516008735251087352870873529608735311

Hej, to je pravda, ale nejaký mindblowing fakt to nie je.

Presnosť kopírovania DNA/RNA je obmedzená termodynamickými zákonmi. Ten upper bound už si presne nepamätám, ale tá default chybovosť je pomerne vysoko. Pre väčšinu organizmov je to problém, tak si vyvinuli rôzne komplikované mechanizmy "proofreadingu", ktoré pália energiu a vďaka tomu dokážu chybovosť stlačiť nižšie (nikdy nie na nulu).

Koronavírusy jeden taký mechanizmus majú tiež. Influenza nemá nič a preto mutuje tak rýchlo.

V princípe neexistuje žiadna globálne optimálna mutačná rýchlosť pre všetky organizmy. Pre každý organizmus je výhodné mutovať rozdielne rýchlo v závislosti od veľkosti genómu, rýchlosti replikácie, životného štýlu etc. Mutačná rýchlosť sa dá evolučne regulovať práve skrz tie mechanizmy proofreadingu.